El Hospital “César Gararay García” de Iquitos, para cumplir su misión y lograr sus objetivos funcionales tiene la siguiente Estructura Orgánica:

ÓRGANO DE DIRECCIÓN
Dirección Ejecutiva: Dr.Ciro Beltran TorrejonFlores.
Dirección Adjunta: Dr. Luis Alberto Valdivia Espinoza.

ÓRGANO DE CONTROL
Órgano de Control Institucional

ÓRGANO DE ASESORAMIENTO
Oficina de Planeamiento Estratégico
Oficina de Epidemiología y Salud Ambiental
Oficina de Gestión de la Calidad

ÓRGANO DE APOYO
Oficina de Administración
- Unidad de Personal
- Unidad de Economía
- Unidad de Logística
- Unidad de Servicios Generales y Mantenimiento
Unidad de Estadística e Informática
Unidad de Apoyo a la Docencia e Investigación
Unidad de Seguros